پس از مدت‏ها اختلاف بین مسئولان انقلابی نظام اسلامی و بنی‏ صدر ، سوء مدیریت وی در جنگ و موضع‏گیری علیه اهداف نظام اسلامی، حضرت امام خمینی(س) در 20 خرداد 1360 و به استناد بندهای ذیل اصل 110 قانون اساسی، که نصب و عزل فرماندهان عالیرتبه نیروهای مسلح جمهوری اسلامی ایران از وظایف و اختیارات رهبری انقلاب است و براساس اختیارات مندرج در همین اصل، وی را از فرماندهی کل قوا، بر کنار کردند.